Ladislav Kulil, Janův učitel na Střední průmyslové škole v Šumperku, si na ráno 24. února 1969 dobře vzpomíná: „Mám ho před očima. Seděl ve druhé lavici před katedrou a jen jsem vstoupil do třídy, začal diskutovat. Přede všemi kategoricky prohlásil, že po první živé pochodni Jana Palacha musí následovat druhá a další, aby se národ probudil k odvaze. Vůbec mě nenapadlo, že tím myslí sebe. I tak jsem mu ale oponoval, že takové sebeobětování nepovažuji za správný způsob protestu.“
Večer před upálením Jan rozdával kamarádům své věci, bylo již tedy definitivně zřejmé, k čemu se chystá. Mnozí se pokoušeli rozmluvit mu jeho plán, ovšem bez úspěchu.
Ráno 25. února 1969, v den výročí „Vítězného února“ a přesně měsíc od Palachova pohřbu, odjel Jan vlakem do Prahy. Doprovázel jej spolužák Jan Nykl a další dvě spolužačky, se kterými se náhodně potkali ve vlaku. Přibližně v době příjezdu do Prahy třídní profesor Malec zjistil, že Jan ve škole v Šumperku chybí. Okamžitě o tom informoval ředitele, který zalarmoval policii. Ta ovšem reagovala velice zdlouhavě. Jan mezitím do dvou kufrů rozdělil lahve s benzinovým ředidlem a pastu na parkety. První kufr byl pro něj, druhý nechal v úschovně na nádraží. Byl určený pro jeho kamarádku Evu, která se 8. března na Mezinárodní den žen měla stát již celkem třetí živou pochodní. Lístek z úschovny spolu s dopisem určeným pro Evu a dalšími dopisy na rozloučenou Jan předal spolužákovi Nyklovi. Na záchodě na nádraží se namazal po celém těle silně hořlavou pastou na parkety, rozloučil se s průvodci a pokračoval dál sám.
Na Václavském náměstí zabočil do průjezdu domu č. 39, aby provedl poslední přípravy. Z předem zakoupené koudele a vařečky zamýšlel udělat pochodeň, vyběhnout s ní na náměstí a až tam se zapálit. Ale realita byla v důsledku jiná. Plamen na něj pravděpodobně neplánovaně přeskočil dřív, než stačil vyjít ven z průjezdu. Nestihl už z nachystané lahve vypít kyselinu, která mu měla zabránit křičet. Jeho tělo začalo prudce hořet a on se rozběhl nesprávným směrem. Po pár krocích se zhroutil a mrtvý zůstal ležet na schodech do zvýšeného přízemí za dveřmi v průchodu domu č. 39. Bylo kolem půl druhé odpoledne.
,,Dnešního dne, 13:50 h, bylo telefonicky oznámeno… že na Václavském náměstí došlo k dalšímu popálení neznámého muže…“ sděluje policejní zpráva z 25. února 1969. Dále uvádí, že dva zástupci Bezpečnosti se na místo činu dostavili mezi prvními občany a snažili se postiženého uhasit, ale pro značný dým, a tím špatnou viditelnost, se jim to nepodařilo. Taktéž hned nezískali jména těch, kteří Jana na místo činu doprovázeli, ale vyjádřili podezření, že se jedná o organizovanou skupinu osob, které hodlají podstoupit smrt upálením, a je proto potřeba učinit v tomto směru další opatření.
Karel Moravec byl spolu se svým kolegou z firmy PSO na místě bezprostředně po samotném činu. Do policejního záznamu tento svědek vypovídal takto:
,,…Asi kolem 13:30 h jsme se procházeli po Václavském náměstí…, u domu č. 39 jsme chtěli projít na druhou stranu, ale všimli jsme si davu lidí, kteří stáli před domem č. 39… Lidi říkali, že se v domě něco děje…. My jsme vešli do domu a viděli jsme, že zde hoří… Žena nad námi z okna křičela, že je tam náš člověk… Jelikož jsme nevěděli, o co se jedná, běželi jsem s Liškou dál, a když jsme vešli do dveří, které vedou na schodiště, tak na odpočívadle mi lidi ukázali, že tam leží člověk… Viděl jsem na zemi ležet osobu hlavou k zábradlí, jak hoří… Osoba již nemluvila, podle mého názoru již byl mrtev… Nějaký pán křičel – hoďte na něj kabát, a jelikož jsme neměli, tak jsem seběhl, vzal od muže kabát a pokoušel se osobu na zemi ležící uhasit.“
Dalším z prvních svědků tragického činu byl také Miroslav Dvořák. Zde je část jeho výpovědi:
„…Právě jsem scházel po pravé straně od Svatého Václava dolů, když jsem zaslechl někoho vykřiknout, že hoří člověk. Já sám nic neviděl, a tak jsem tomu nepřikládal příliš velkou váhu. Poté co jsem ale popošel dál, jsem uviděl skupinu lidí, kteří ukazovali do průchodu…
…viděl jsem ležet člověka otočeného obličejem ke stěně. Jeho tělo bylo celé popelavé, již nejevilo známky života, ale ještě stále z něj vycházely pramínky šedavého kouře. Podle mých propočtů to muselo být tak pět, maximálně deset minut po činu. Po celém těle se rozprostíral matný šedavý pokryv a oblečení nebylo vůbec k rozeznání. Měl jsem z toho strašnou hrůzu a obával jsem se těla dotknout, zejména také proto, že jsem byl v průchodu úplně sám. Nikdo z těch, kteří zpočátku na místo upozorňovali, se ke mně nepřidal, po Václavském náměstí korzovaly masy lidí dolů a nahoru, jako by se nic nestalo, a ani před průchodem se žádné srocení nekonalo. Přítomny v tuto chvíli ještě nebyly dokonce ani jednotky první pomoci a složky vyšetřovacích orgánů.
Vzdálenou společnost mi dělaly pouze nějaké čtyři ženy v pláštích, na které jsem viděl přes prostranství do dalšího, nyní už ale nezastřešeného průchodu. Lomily rukama a před nimi stály dřevěné krabice s dřevitou vlnou, do které zřejmě balily něco křehkého. Kousek od těchto žen, asi na ústí toho druhého průchodu, stála taška a u ní dvě lahve „čikuli“. To je čisticí prostředek, který se kdysi prodával a který jsem hned poznal podle jeho výrazné barevné etikety…“
Jan si ke svému činu vybral datum 25. únor zcela záměrně. Nejen proto, že to bylo přesně měsíc od pohřbu Jana Palacha, ale zejména z toho důvodu, že právě v tento den si komunistický režim každoročně připomínal převzetí moci v roce 1948.
„Vítězný únor“
25. únor 1948 býval komunisty označován jako „vítězství pracujícího lidu nad buržoazií a reakcí“, zkráceně „Vítězný únor“, tedy den definitivního vítězství komunistického převratu v poválečném Československu pod vedením Klementa Gottwalda.
25. únoru předcházela vládní krize a spor kvůli přeložení několika policejních důstojníků Sboru národní bezpečnosti (SNB) mimo Prahu. Přeložení měl na starost komunistický ministr vnitra Václav Nosek. Na protest proti tomuto činu podali 20. února demisi ministři vládních demokratických stran. Komunisté v čele s Klementem Gottwaldem navrhli prezidentovi republiky demisi přijmout a doplnit vládu převážně komunisty. Prezident Edvard Beneš pod tlakem událostí 25. února demisi přijal, a Gottwaldovi tak ve všem vyhověl. Komunisté se dostali k moci a už si ji vzít nenechali. Naší zemi vládli 41 let.
Po návratu od prezidenta Beneše Klement Gottwald na Václavském náměstí, provázen aplausem davu, mimo jiné prohlásil: ,,Právě se vracím z Hradu od prezidenta republiky. Dnes ráno jsem panu prezidentu republiky podal návrh na přijetí demise ministrů, kteří odstoupili 20. února tohoto roku. A současně jsem panu prezidentu navrhl seznam osob, kterými má býti vláda doplněna a rekonstruována. Mohu vám sdělit, že pan prezident všechny mé návrhy přesně tak, jak byly podány, přijal.“