Jan se narodil jako druhý ze tří dětí (starší Jaroslav, mladší Marta) 3. července 1950 v městečku Vítkov (okres Opava). Otec Jaroslav pracoval v místní drogerii, která se nacházela v přízemí jejich rodinného, dnes již neexistujícího, domu kousek od centra města. Matka Marta byla učitelkou místní základní školy, vyučovala český jazyk a přírodovědné předměty. Rodiče směřovali své děti k praktickému životu a výchovu vedli s důrazem na morálku, mravní zodpovědnost, úctu k vlasti a k demokratickým zásadám.
Lidé z jeho okolí ho charakterizovali jako člověka veselého, nesobeckého, čestného a velmi citlivého, sourozenci na něj dodnes vzpomínají jako na kamarádského bratra, který měl rád legraci a rád žil. Silný odpor v něm vyvolávaly momenty, kdy se setkal s nějakou formou podvodného jednání, lhaní či nespravedlnosti. Nezapomněl, nedokázal odpustit, pokud někdo zklamal jeho důvěru.
Jedna z Janových spolužaček ze základní školy ho vidí takto: „Byl to velice galantní, veselý, spolehlivý kamarád, který vždy obhajoval spravedlnost. Zastával se spolužáků i za cenu toho, že v očích učitelů vypadal jako rebel, stále řešící něčí problémy.“
Janova maminka přiznává i to, jak kritizoval své rodiče ve věci určitých morálních rozhodnutí: „Častokrát říkal, že nás poznamenala doba, ve které jsme žili. Celé naši generaci dával za vinu, že se nepostavila proti deformacím a mlčela k bezpráví. Často říkal, že je mladší, ale vidí dál. A snad i viděl…“
Měl hluboký vztah k přírodě, od mládí si velice oblíbil kraj kolem blízké řeky Moravice s romantickou dominantou zříceniny hradu Vikštejn. Během svých středoškolských let se společně se svými kamarády stal členem trampské osady s názvem T.O. Sirot, kde získal svoji přezdívku „Míša“. Pravidelně vyrážel na výlety do přírody a na trampská setkání i do vzdálenějších míst, hrával na kytaru. O jeho silném vztahu k přírodě a tábornické romantice výmluvně svědčí jeho poslední věta z dopisu na rozloučenou pro rodinu: „Pozdravujte kluky, řeku a les!“
Ve Vítkově se Jan učil s nadprůměrnými výsledky a v roce 1965 byl přijat na Střední průmyslovou školu železniční v Šumperku. Původně uvažoval o kariéře veterináře, ale vzhledem k okolnostem v rodině (otec utrpěl poměrně mlád infarkt) ho rodiče nasměrovali z praktických důvodů na průmyslovku; chtěli, aby se dokázal co nejdříve sám o sebe ekonomicky postarat. Typ školy, kterou Jan nakonec upřednostnil, byla nejblíže právě v Šumperku. Během studia bydlel na internátě, do Vítkova se pravidelně vracel na víkendy, nebo ho někdy v Šumperku navštěvovali rodiče. O prázdninách rodina společně cestovala i do zahraničí, a tak se podíval do Polska, Rumunska, Bulharska nebo NDR. Chvíle letního volna trávil u příbuzných na Vysočině, ale zamiloval si i Jeseníky, nejvíce oblast okolo Šeráku.
V průběhu studia se Jan začal velmi zajímat o literaturu, objevil svět filozofie a pustil se do skládání básní.
Jan nadšeně podporoval ideály Pražského jara a vítal změny, které nastávaly. Rád diskutoval, organizoval různé akce, byl společensky aktivní. V průběhu roku 1968 se i v Šumperku konala řada setkání s veřejnými činiteli a mítinky veřejnosti k aktuálnímu dění. Jan patřil k aktivním, až vášnivým diskutérům. Srpnová invaze jím pak silně otřásla. Sdílel rozčarování většiny národa. V rodném Vítkově se svými spolužáky ze základní školy malovali po plotech nápisy „Táhněte, odkud jste přišli“. Jeho nekompromisní cit pro spravedlnost dostal těžkou ránu.
S okupační realitou se znovu intenzivně setkal v Šumperku – záhy po začátku školního roku 1968 – 1969. Objekt školy a internátu totiž přímo sousedil s kasárnami, kde byla umístěna sovětská okupační posádka. Incidenty na sebe nenechaly dlouho čekat. Mezi studenty a vojáky docházelo téměř denně ke slovním konfrontacím, k provokacím, krádežím a nakonec i k fyzickým útokům. Napjatou situaci muselo opakovaně řešit vedení školy s představiteli místních bezpečnostních složek. Studenti společně s některými kantory jednotlivé případy sepisovali – takto například jednu z příhod na internátu popsal sám Jan: „Dne 19. 1. jsem se asi ve 3 hodiny ráno probudil.
V rozespalosti jsem zjistil, že někdo hrabe ve skříni, u které spím. Nenechal jsem se příliš rušit, protože jsem měl zato, že jde o moje spolubydlící vracející se z plesu. Až když jsem se pořádně rozkoukal, zjistil jsem, že jsou to vojáci SSSR. Ale to už vojáci ustupovali na chodbu. Vyběhl jsem za nimi, ale měli asi 15m náskok. Uviděl jsem, že jsou tři, v uniformách tankistů. První měl v ruce nůž či dýku. Z tohoto důvodu a taky proto, že na chodbě byla tma a pravděpodobnost dohnání malá, jsem je dále nepronásledoval…“ Následně se ukázalo, že mu vojáci ukradli 85,- Kčs, spolubydlícím pak několik svetrů, košil a peněžní hotovost v celkové výši 900,- Kčs.
Po Palachově sebeupálení Jan odjel do Prahy, aby se zde připojil k protestní hladovce, kterou v té době pod rampou Národního muzea na pražském Václavském náměstí držela skupina studentů a mladých lidí. Zúčastnil se rovněž Palachova pohřbu. Několikadenní pobyt v Praze byl pro Jana zřejmě důležitým podnětem k jeho dalšímu jednání. Byl zklamán, že po onom lidském sebeobětování nenásledovala ve společnosti žádná dlouhodobější reakce. Rozhodl se Jana Palacha následovat, aby probudil národ z letargie.
„…byl inteligentní, bystrý a průbojný student, který měl daleko širší rozhled o všem, co se děje, než jeho kamarádi. Vynikal zvýšeným zájmem o společenské dění. Byl extrovertní typ, temperamentní a citlivé povahy. Přemýšlel o věcech, které hodnotili dospělí, ověřoval si je a uzavíral o nich vlastní soudy. Své přesvědčení a názory říkal přímo a stál nekompromisně za nimi… Citlivost svého nitra často zastíral rázností vystupování, což u těch, kteří jej neznali, budilo dojem drsnosti. Nebylo tomu tak. Dovedl otevřít srdce svým učitelům, ač ho k tomu nikdo nevybízel. Domáhal se stále kontroly svého názoru a myšlení dialogem. Těžko snášel málo zdůvodněné a strohé příkazy. Ve vztahu k spolužákům byl upřímný, obětavý a v hájení jejich zájmů stejně nekompromisní jako sám k sobě… Zásadně obhajoval právo, pravdu a spravedlnost v životě soukromém, a zvláště pak veřejném. Velmi těžko nesl situaci naší vlasti po 21. srpnu 1968. Jeho zdravotní stav byl normální. Po celou dobu studií patřil k žákům se studijním prospěchem velmi dobrým.“