Hned ráno druhého dne po tragickém činu (a dříve než Bezpečnost) přijíždí s krutou zprávou k Janovým rodičům do Vítkova představitel studentstva – Oldřich Vít, jenž k tomuto na služebně StB vypověděl: „Vstoupil jsem do dveří a sdělil rodině, že Jeník se upálil. Reakci matky si asi dokážete představit.“ Pět dní po svém činu, v neděli 2. března 1969, byl Jan pochován na hřbitově v rodném Vítkově. Na přípravách pohřbu se podíleli zejména blízcí rodiny Zajícových; ta totiž v prvotním šoku a následném zármutku nebyla s to bez pomoci přátel vykonat vše potřebné.
Přestože Jan ve svém posledním odkazu zanechal výslovné přání, aby byl pochován v Praze, nebylo tomuto požadavku vyhověno. Vrcholní představitelé komunistické strany se důvodně obávali, že se pohřeb promění v manifestaci proti režimu (podobně jako při pohřbu Jana Palacha). Tomu chtěli pochopitelně zabránit úplným zákazem konání obřadu na území hlavního města. V té chvíli již studenti ve školách, které Jan navštěvoval, drželi pietu. Poslední rozloučení nakonec proběhlo ve Vítkově.
Rakev se zesnulým byla pokryta státní vlajkou a vystavena ve vestibulu vítkovské devítiletky. Čestnou stráž drželi žáci a studenti vítkovských škol, ale i šumperské průmyslovky. Paní Zajícová, zahalená do černého závoje, se rakve dotkla se slovy: „On byl příliš čistý pro tento svět, nesnášel kompromisy, a já si vyčítám, že jsem ho tak vychovala.“ Nad rakví poté velmi upřímně a odvážně promluvila Anna Fojtíková, zástupkyně ředitele školy.
Komunistická strana se snažila všemi prostředky znepřístupnit veřejnosti jakékoli informace o smrti Jana Zajíce, stejně tak o konání pohřbu. Okresní stranický deník například vydal – až několik dní po pohřbu – pouze toto prohlášení:
„Za doprovodu československé státní hymny, kterou hrála přítomná hudba a zpívali účastníci pohřbu, byla rakev s ostatky Jana Zajíce spuštěna do hrobu. Škoda mladého života…“ Navzdory pokusům celou tragédii utajit se posledního rozloučení – dle umírněných odhadů – zúčastnily více než tři tisíce osob ze všech koutů republiky. Ve čtyřech autobusech dorazili i studenti a studentky ze Šumperka.
Po skončení pietního aktu ve škole se průvod smutečních hostů odebral ke kostelu, kde byla za Jana sloužena zádušní mše. Svátost celebroval kněz Josef Krakovič, jemuž kapitulní konzistoř v Olomouci v tomto případě schválila obřad bez jakýchkoli omezení, která jsou nařízena při pohřbech sebevrahů. Krakovič se ve své homilii zaměřil na význam oběti a vyzval přítomné, aby už nikdo oba Jany nenásledoval: „Všichni to nemůžeme, a ani nesmíme udělat, ale všichni máme, a musíme žít s ideály, a pro ideály… Zde u této rakve si slibujeme, že jeho odkazu věrni zůstaneme, že pro to, zač on se rozhodl zemřít, my budeme žít.“
Anna Fojtíková mimo jiné ve svém proslovu uvedla: „Jan Zajíc z vlastní vůle dobrovolně obětoval svůj život; v pevné víře, že ideály vlastenectví, svobody a lidskosti budou jako pochodeň zapalovat a ukazovat cestu ke svému uskutečnění.“ Nadnesla také otázku „jakou vinu nese naše společnost a každý z nás na tragické smrti dvou krásných mladých lidí – Jana Palacha a Jana Zajíce“, kteří – podle ní – „vyrůstali v tragickém nesouladu krásných frází s neblahou skutečností.“ „Na tyto otázky nechť si odpovídá naše svědomí,“ uzavřela svoji smuteční řeč. Anna Fojtíková byla z rozhodnutí KSČ následně – z politických důvodů – sesazena ze své funkce.
Poté se všichni odebrali na hřbitov, který byl po celou dobu obřadu pečlivě monitorován uniformovanými i tajnými příslušníky VB a StB. Zde se s Janem za občany města Vítkova rozloučil tajemník národního výboru Jindřich Dušek, který připomněl: „Jan byl mladý muž čistého a bezelstného charakteru, který neznal faleš a přetvářku. Svobodu chápal v ideálním pojetí, a proto tak těžko snášel současnou dobu a nedovedl se s ní vyrovnat.“ Jeden z kondolenčních proslovů přednesl také Stanislav Boxan, učitel šumperské průmyslové školy, který svou řeč uzavřel slovy: „Nuže, Jene, mám se s tebou rozloučit za všechny žáky, za ředitelství, za sbor a rád bych to učinil jako vždy, když jsme se dívali přímo do očí. Tys jinak nedovedl… Odpovíš upřímně anebo uhneš?… Odpovím ti upřímně jako tenkrát v kabinetě, že pták nezvedne křídlem oblohu, byť by se vznesl sebevýš…“
Janova spolužačka zde přečetla i jeho poslední dopis rodině.
Janův náhrobek i pamětní busty navrhoval známý český sochař Olbram Zoubek (mj. autor posmrtné masky Jana Palacha). Až do roku 1989 mu ale opatření režimu znemožňovala představit hrob v původně zamýšlené podobě. Sám sochař k tomuto vypověděl: „Z rozhodnutí režimu jsem hrob nesměl dokončit. Reliéf kamenné desky byl příliš provokativní a koule, na kterých hrob stojí, prý byly metaforou trestaneckých koulí a značily nestabilitu vlády.“ Po převratu se umělec rozhodl napravit alespoň tuto poslední křivdu spáchanou na Janu Zajícovi a ve spolupráci s rodinou definitivně navrátil náhrobku originální podobu.