Teprve po pádu komunistické vlády v Československu a s návratem svobody do naší země – po listopadových událostech roku 1989 – mohla být Janovi konečně veřejně projevena úcta, kterou si oprávněně zasloužil. Trvalo to více než dvacet let, než se Janovu činu dostalo adekvátní pozornosti ve společnosti, v médiích, u představitelů státu. Odkaz Jana Zajíce je však potřebné i nadále připomínat. Jeho poselství je stále živé a v obecnější rovině silně nadčasové.
První velká důstojná připomínka Janova činu „na domácí půdě“ proběhla ve Vítkově 25. února 1990 z iniciativy místního Občanského fóra. Na vítkovském náměstí se za velkého zájmu veřejnosti a za účasti řady hostů uskutečnilo slavnostní shromáždění. V jeho závěru bylo náměstí velice symbolicky přejmenováno z původního „náměstí Rudé armády“ na „náměstí Jana Zajíce“. Několik tisíc lidí se pak odebralo na hřbitov, kde byl odhalen – dle původního návrhu – čerstvě dokončený Janův náhrobek
autora Olbrama Zoubka. V tomtéž týdnu proběhla řada vzpomínkových akcí i v Šumperku, např. zádušní mše, pietní shromáždění,
beseda s pamětníkem, a dokonce i výstava v místním muzeu.
Na budově základní školy ve Vítkově, kterou Jan navštěvoval, byla 24. února 1991 odhalena pamětní deska s jeho bustou od sochaře Gottharda Jandy. Na desce je mimo jiné uveden citát z Janova posledního dopisu „umřel jen ten, kdo žil pro sebe“.
O den později, za účasti ministra školství, odhalili pamětní desku věnovanou Janu Zajíci také na budově šumperské Střední průmyslové školy. Autorem tohoto díla byl, velmi symbolicky, opět sochař Olbram Zoubek.
Oba Jany, Palacha a Zajíce, připomíná na Václavském náměstí, tedy přímo v dějišti obou tragicky burcujících činů, pomník umístěný u kašny před budovou Národního muzea. Na prohnutém bronzovém kříži, provedeném do dlažby, jsou v místě křížení ramen vyhotovena obě jména se základními životopisnými údaji. Pomník vytvořili architekti Čestmír Houska, Jiří Veselý a výtvarnice Barbora Veselá. Slavnostní odhalení se konalo v roce 2000. Pod jezdeckou sochou sv. Václava se nachází další symbolická pieta připomínající oba Jany. Místo, kde zemřel Jan Zajíc, nijak konkrétně označeno není.
V roce 1991 natočil režisér Ivo Trajkov (podle scénáře šumperského rodáka Vladislava Kučíka) hraný televizní film s názvem „Jan“. Snímek byl velice úspěšný – získal hlavní cenu na Světovém televizním festivalu v Japonsku a byl prodán do řady zemí, nejen evropských. V roce 1999 se k tématu vrátil scénárista a režisér Petr Lokaj, jenž pro Českou televizi natočil dokument „Ve jménu života vašeho! Hořím…“
V porevoluční době obdržel Jan „in memoriam“ dvě vyznamenání. 28. října 1991 udělil Janovi prezident Václav Havel Řád Tomáše Garrigua Masaryka I. třídy „za vynikající zásluhy o demokracii a lidská práva“. Slavnostního aktu na Pražském hradě se účastnili Janovi rodiče i sourozenci. Ocenění z rukou prezidenta převzala Janova maminka Marta, pro niž se tato chvíle stala obrovským zadostiučiněním.
U příležitosti Dne válečných veteránů – 10. listopadu 2009 – uctil Janovu památku tehdejší ministr obrany vyznamenáním Zlaté lípy „za významné zásluhy o ochranu lidských práv a svobod“.
V roce 1992 byla ve Vítkově při tamější základní škole založena Nadace Ceny Jana Zajíce, později přeměněná na Nadační fond Ceny Jana Zajíce. Účelem této instituce, kromě péče o Janovu památku, je oceňování žáků a studentů vítkovského regionu za mimořádné studijní či pracovní úspěchy, charitativní činnost, záchranu lidského života apod. Za dobu své existence už Nadace ocenila více než tři desítky mladých lidí. Předávání cen, které se zpravidla konává v pátek před výročím Janova činu, se odehrává v rámci slavnostní pietní vzpomínky spojené s vystoupením známých umělců a za přítomnosti významných osobností veřejného života.
Už od roku 1990 se ve Vítkově pravidelně koná turistický pochod Memoriál Jana Zajíce. Organizuje ho město Vítkov a probíhá vždy 17. listopadu. Memoriál začíná krátkým pietním aktem u Janova hrobu – za účasti nejbližších rodinných příslušníků, občanů města, školní mládeže. Po úvodním projevu a minutě ticha účastníci absolvují několikakilometrovou trasu k údolí řeky Moravice s výstupem na zříceninu hradu Vikštejn (oblíbené to Janovo místo).